Un collègue à la recherche d’un tutoriel introductif à la classification automatique (typologie, clustering en anglais) avec R m’a contacté récemment. A ma très grande surprise, je me suis rendu compte que je n’en avais pas moi-même écrit. Pourtant, j’ai abordé plusieurs fois le thème, mais sous l’angle de traitements sophistiqués (enchaînement k-means et cah, déploiement, classification sur données mixtes, …).
Voici donc un petit guide montrant les principales commandes sous R, essentiellement la classification ascendante hiérarchique (CAH) et la méthode des centres mobiles (k-means). Pour ajouter un peu de sel à l’affaire, je décris des pistes pour la détermination du nombre de classes pour les k-means, j’aborde également la question de l’interprétation des groupes à l’aide de techniques statistiques univariées (statistiques comparatives) et multivariées (analyse en composantes principales - ACP). La complémentarité de cette dernière avec la classification automatique fait toujours autant de merveilles.
Mots clés : logiciel R, classification ascendante hiérarchique, CAH, méthode des centres mobiles, k-means, package fpc, analyse en composantes principales, ACP
Composants : hclust, kmeans, kmeansruns
Lien : cah et k-means avec R
Données : cah_kmeans_avec_r.zip
Références :
Marie Chavent, Page Teaching, Université de Bordeaux (consulté oct. 2015).
